馬英九最近接受外國傳媒的訪問時，呼籲大陸必須撤除對台灣的導彈威脅，兩岸關係才會進一步的改善。馬英九說大陸持續增加瞄準台灣的導彈數量，一年增加約一百枚，美國仍必須提供台灣武器，讓台灣有談判籌碼，只有當台灣有適當的武力及防禦力，才有信心與大陸交涉。

馬英九的兩岸議題有他的路線圖，他不急於見胡錦濤，認為先簽署經濟協議比較重要，兩岸關係的改善現在還只是開始。

其實，在經濟緊密的互動下，北京希望能正式結束兩岸的敵對狀態，進入政治對話，然這是複雜且敏感的政治問題。馬英九表示要先撤導彈兩岸才能和談，這除了是台灣朝野的共識，也可視為馬英九的緩兵之計。因為北京不可能如此輕易地答應撤導彈，北京的立場認為撤導彈可能給台獨勢力無所懼之恃，易造成台獨聲勢的高漲與復燃，因之，兩岸是否進入政治議題的攻防戰乃在於北京是否撤對台導彈。

正如馬英九所說，大陸每年增一百枚導彈瞄準台灣，如何能感受到北京的善意？兩岸縱使簽和平發展框架協議，有導彈的威脅實徒呼枉然。

兩岸要結束敵對狀態的前提是先建立軍事的互信，則其他層面就可迎刃而解，而軍事互信乃建立在善意誠意的基礎上，放棄兵戎相見之思維，兩岸才可結束敵對狀態。

馬英九對荷蘭國會議員表示，歐盟至今堅持不解除對中國武器禁運，對台海安全有很大幫助，此話顯示馬英九對台海安全仍存有極大的憂慮。