所謂「台灣海峽中線」，是兩岸為避免擦槍走火、避免軍機超越的假設線，雙方長期形成默契，並非有條文議定。二○○七年十二月六日，陳水扁在會見美國政要時，突然爆料稱「中國大陸研議在台灣海峽中線西側劃定防空識別區，同時大陸民航總局也要在海峽中線的西側劃定新航線」，「這對台海現狀是一個很大的威脅，希望美國、日本出面給予共同關注」。台灣媒體還援引台軍將領說，現在的台灣海峽是劃歸台北飛航情報區，範圍大致接近大陸福建沿岸，不過，大陸和台灣戰機出海，一般是不會越過中線的。

北京接近軍方人士則指出，中國幅員廣大，福建沿海軍機及民航起飛時可以朝內陸方向，沒必要接近台灣海峽中線。海峽最窄部分只有一百多公里寬，超音速戰機幾分鐘就能跨越。台灣惟恐空中襲擊，故對跨越台海中線的民航機也杯弓蛇影。馬英九在巴拿馬透露，第三次江陳會前，大陸也有類似建議，但他們非常明確告訴大陸，海峽中線是空軍演訓場所，實在無法開放。涉兩岸事務的高層強調，中國大陸空域十分之九都保留給空軍演訓，但台灣只有海峽中線這一塊，不管對方有沒有陰謀，「我們死都不讓，這個立場非常硬。」

考慮到民進黨立場極端，兩岸軍事互信機制可能要用「國對國」的談判才可進行，因為馬英九也怕被「抹紅」。