《粵港合作框架協議》對香港政策發展而言，屬劃時代的大變化。一是開始有長遠規劃的思想，但不是董建華時代的空想目標，也不是曾蔭權上台以來所表現出來斬件式「頭痛醫頭，腳痛醫腳」的做法。從協議內容和文字來看，應該是中央主導，廣東牽頭，香港只是被動應對。後者還頗為馬虎，看不出多少香港長遠發展的思維因素。但不管是中央主導，香港被動，香港自此以後，便不能再迴避長遠規劃。
二是打破劃地為牢的殖民地思想，而是以區域合作主宰香港長遠發展規劃。香港再不能自把自為，也不能自我封閉不作為。協議把香港與廣東連上，廣東肯定會積極進行建設，於是通過協議便把香港帶上。無論是基建、環保，乃至廣東本身的產業升級，協議都強調跨境合作，也即是香港在協議的框架下不可能迴避、拒絕。以協議形式替代過往的聯席會議，且屬框架性質，即是還可在這個框架內增添更多的內容。法律性協議，對雙方（特別是一直刻意迴避責任的香港）具有約束性，更突出的是，協議是在國家副主席監督下簽署，顯示中央政府對協議的背書，對雙方的約束力更大。
協議有幾點頗為突出，意義深遠，也可凸顯中央政府對香港政府督促和壓力。
一是香港能源供應。協議提出四點：加強電網聯網、增強電力互供﹔提高香港天然氣供應保障能力（即西氣東輸二期對香港供氣項目）﹔增加向香港供應核電等清潔電能和逐步淘汰香港煤電機組。內地向香港供電早已屬中央政府及廣東省政府的既定政策，可是一直以來香港抗拒。但是，協議所提的主調是清潔能源，無論是天然氣及核電，都是由內地及廣東省供應，香港是無法反對的。而且近年香港空氣污染主要來自發電燒煤，早已引起社會強烈反對。因此借協議把內外壓力集中，歸結於逐步淘汰香港煤電機組，替內電供港打開大門，應該不是香港政府的主張。由此引起的後果，關鍵在於「逐步」的界定，是一二十年的「逐步」，抑或是幾年內的「逐步」？
二是五大機場的定位，協議重申並確定：香港機場作為國際航空中心，廣州為門戶複合型航空樞紐，深圳為大型骨幹機場。以此定位，香港機場專注國際，深圳專注國內，廣州則內外兼顧。三者的競爭不可能消除，但把主動權放在廣州，國際和國內可同時發展，與香港及深圳競爭。在高速鐵路的競爭下，深圳的國內航班會大受影響，出路便只有走國際航線，因此與香港、廣州的國際航線必然正面競爭。高鐵競爭的壓力亦同時會涉及廣州。於是國際航線的惡性競爭必會加劇，香港何以自處？
近年香港機管局的投資，如第二候機樓 （實質是商場）、海運碼頭和發展內地二三線城市的中小型機航班，都屬錯誤決策，無補香港機場競爭力。五大機場中，珠海、澳門不成氣候，定位意義和作用不大，穗港深三大機場卻不會因協議可抑壓惡性競爭，廣東省（廣州市）有備而來，香港竟然不知頭緒，相信會是惡性競爭中的輸家，只可能比深圳稍佳。但香港機場規模龐大，利益眾多，競爭中受損，必然比深圳更大。
三是協議提出「形成以香港為國際航運中心、深圳港、廣州港為樞紐港，其他港口為支線港和餵給港的大珠三角洲港口群」。名義上香港似是龍頭，但國際航運中心的規模和意義不清楚，可能徒具虛名，在運輸量香港便會落在深圳和廣州之後。事實上，廣州港的運輸量（包括集裝箱以外的運輸）已超過香港，深圳港集裝箱港口業務也很快超過香港。樞紐港的作用似乎大於國際航運中心，其他的支線港，餵給港服務的對象，便多是廣州及深圳樞紐港，而不是香港這個國際航運中心了。
四是協議提出「建設以香港金融體系為龍頭，廣州、深圳等珠江三角洲城市金融資源和服務為支撐的金融合作區域」，明確香港在珠三角金融的龍頭地位。可是協議沒有多少實際措施提升香港國際金融中心地位。協議也沒有提及怎樣推動珠三角金融合作區域，幫助香港作為中國的國際金融中心與上海競爭。但只作為珠三角的龍頭，香港地位顯然下降。
理工大學中國商業中心主任 陳文鴻