此次審計發現的問題較以前有所改善，儘管違規金額普遍不大，但是擠佔挪用和轉移財政資金問題仍然十分嚴重，有些部門違規辦企業、炒樓、炒股票，即使已被揭發多年仍未糾正。

外交部炒樓未入帳

當中炒樓問題最嚴重的是外交部及農業部。外交部多年來累計斥資5,169.17萬元（人民幣‧下同），在上海購買15套公寓，又在北京買了一筆土地及房產，但以上資產均未納入帳內。

農業部的問題更嚴重，包括越權開發商品房及虛報住房補貼等。審計發現，農業部未經批准，越權批准農科院利用15畝國有土地，與民營企業合作開發高科技綜合實驗樓。該項目於去年竣工驗收，卻被建成寫字樓、商舖和商品房，民營企業分得七成建築面積，已取得銷售收入9.08億元。

中國科學院旗下軟件所更大膽挪用科研經費150萬元，以個人名義購買了150萬股某公司的股票。問題發生於○三年，截至今年四月審計結束時，該筆款項尚未歸還。由於歷年來分紅送股，其持股量已達165萬股。

另一焦點是金融監管部門○八年預算執行情況的審計結果。中國人民銀行、中銀監、中保監及中證監均存在收支核算不規範、擅自擴大開支範圍、少計收入等情況。其中人行涉及的資金規模較大，合計超過8.43億元。

人行小金庫擁逾6億

人行11個全國分支機構共設「帳外資金」（俗稱小金庫）6.17億元，8個分支機構有1.44億元財務收支核算不實，另有15個分支機構在其他費用支出中列支工資性支出達8,223.7萬元。

中保監及四個所屬單位違規支出達1,030.5萬元，又在未經財政部批准的情況下，動用職工購房補貼結餘153.62萬元，用於支付職工購房補貼。審計署更點名批評深圳保監局，有高達518萬元收入未在決算報表中反映。

中證監同樣存在少計收入的情況。上海證監局未將上海市政府撥付的498萬元經費列為收入。中證監及北京證監局則擅自擴大支出343.88萬元。