台灣未獲邀請以觀察員身份參加WHA，大會隨即舉行公開辯論。據反方馬紹爾群島代表表示，若世衞要堅持「沒有人應該被遺漏」的原則，就應將台灣政府及人民納入WHA，任何兩岸的政治分歧都不應阻礙世衞致力確保全球人民的健康與福祉。大陸方的代表則強調一中原則，巴基斯坦代表則指出WHA不應干預大陸內政。
台灣的蔡英文總統指，大陸用政治手段把台灣排除在全球防疫網之外，不僅無助於兩岸關係，對全球防疫體系也是一種傷害。她指大陸的舉動是損人不利己，只會徒增反感，「不僅對改善兩岸關係毫無幫助，對中國的國際形象也毫無助益」。