東伊運被指與阿蓋德關係密切，長期接受阿蓋德的經濟及武器援助，並曾派出數百人到阿富汗接受恐怖訓練，之後再潛返中國進行爆炸、暗殺、投毒等暴力恐怖活動，主要根據地為新疆。
九八年起多次策動恐襲
中國官方指東伊運從九八年初起，多次在新疆烏魯木齊、和田等地策動多宗恐襲案，已造成多人死傷。而在北京奧運期間，新疆喀什的邊防武警受襲、庫車縣連環爆炸等案，亦是該組織成員所為。
該組織的創建者艾山‧買合蘇木○四年十月在巴基斯坦被擊斃。目前，該組織的頭目是薩克，據知仍藏匿在巴基斯坦。近年來，該組織除繼續於新疆煽動群眾，更通過互聯網等渠道壯大隊伍。