國安密帳源於二○○○年九月，國安局前出納組組長劉冠軍被揭發挾款潛逃，而所侵佔的公款竟無帳目可查。檢調深入追查發現，李登輝一九九四年時任總統出訪南非時，答應捐贈一千零五十萬美元，由國安局代外交部墊支。外交部之後還給國安局的錢，卻流向由李登輝擔任董事長的台灣綜合研究院（簡稱台綜院）帳戶，而時任台綜院院長的劉泰英利用多人協助洗錢等，將款項以捐贈名義予台綜院。檢察總長黃世銘去年上任後重啟調查案件，並將李劉二人列為被告。