【本報綜合報道】「他們直接向睡夢中的平民開火！」有份參與補給的「解放加薩運動」組織領袖阿拉夫稱，他們曾向以軍清晰表示沒有武器，要求以軍不要使用暴力，但對方沒有理會。半島電視台也報道，以軍向船隻開火後才登船，並打傷船長。土耳其記者在報道中說：「這些野蠻人正在殺人，救命。」報道末段更傳出有人以希伯來語大呼：「所有人閉嘴！」
不過，以色列防長巴拉克指摘事件是反以色列勢力的「政治挑釁」所致。以軍表示，登船的士兵遭到船員以利刀和鐵枝襲擊，更有人搶槍並向士兵射擊，導致五名士兵受傷，當中兩人危殆。以軍士兵被迫開火還擊，而兩名向士兵開槍的人被打死。一名自稱為A的以軍特種部隊成員表示，多名同袍被人除下頭盔和裝備，部分人要跳船逃生。
另有突擊隊成員指，船上人員企圖殺死他們。以軍表示在船上搜出大批武器，包括金屬棒和丫叉等武器，批評發起補給援助的組織早有預謀攻擊以軍。
「解放加薩運動」成員伯林指很多組織成員均已年過六十歲，根本威脅不到以軍。另據以軍消息指，以色列伊斯蘭運動主席薩拉赫當時亦在其中一艘船上，在事發時受傷，但並不嚴重。