支持民事審訊穆罕默德的意見認為，如果順利完成對穆氏這名「九一一」主要嫌犯的審訊程序，則其他被關押在關塔那摩基地的恐怖嫌犯，亦可援引穆罕默德的先例，在聯邦法院審理，從而加速實現奧巴馬盡快關閉關塔那摩基地的競選承諾。白宮高級顧問阿克塞爾羅德則反駁，自從二○○一年以來，已有一百九十五宗涉及恐襲的個案，由民事法庭審理，成功定罪的比率高達百分之九十一。事實上，九五年俄克拉何馬城爆炸案亦由聯邦法院審理，其中兩名主犯分別被判死刑和終身監禁。

不由軍事法庭審理存疑

但無可否認的是，俄克拉何馬城爆炸案對美國造成的傷害，與「九一一」恐襲根本不能同日而語；更重要的是，「九一一」揭開了美國反恐戰爭的序幕，而這場戰爭到目前為止仍在進行中。正如朱利安尼質疑，如果說「九一一」恐襲的策劃者被視為敵方戰鬥人員，為甚麼不由軍事法庭審理呢？

有美國法律界人士指出，經由民事程序審訊穆罕默德等人，將產生一系列技術性問題。審訊一旦公開進行，將可能導致部分機密文件外洩；另一方面，由於穆罕默德等人早已認罪，不排除有人將法庭當作宣揚激進思想的「講壇」。更有甚者，較早前對外披露的中情局文件顯示，穆罕默德被施以模擬遇溺的水刑達一百八十多次之多，屆時會否有人翻供？而辯方律師亦可能要求法庭，不要採納由水刑得出的證供。穆氏一方還可能質疑，不少紐約居民是「九一一」的直接受害者，由他們組成的陪審團是否客觀公正？

值得留意的是，從增兵阿富汗問題上至今未有決定，再到近日在胡德堡軍營發生的槍擊事件，奧巴馬已被對手批評在反恐問題上軟弱，一旦穆罕默德等人被判無罪，甚至只是輕判，奧巴馬都得為此付上政治代價。