疫情稍有緩和，跨境學童陸續復課，然而新學年的小一派位仍受影響。有跨境學童慘被派至偏遠學校，估計有四百名跨境學童未能在北區就讀，惟兩地隔離措施致家長難以來港為子女叩門，面試受到掣肘，在內地亦要「翻牆」才可上網遞交表格。有跨境家長批評港府未有任何支援，更有指教育局反叫家長等至九月開學才算，令他們求助無門，倍感壓力。
屯門、元朗、北區、大埔和東涌的小學新學年將向跨境學童分別提供一百五十一、一百五十二、一百零五、八十和十五個學額，表示有四百名跨境學童未能在北區就讀。
何先生一家三口居住在福田口岸附近，五歲半兒子現就讀上水鳳溪幼稚園，打算一條龍報讀北區的鳳溪第一小學，方便接送，可是升小放榜當下發現被派至元朗的八鄉中心小學，被派學校跌出三十名志願以外，大失預算，他坦言因應現時的強制隔離措施，家長難以跨境來港為子女叩門，加上因應疫情，各學校只是開放網上遞交表格或是進行網上面試。何先生自言因不少程式未能在內地使用而倍感壓力，「全部都係靠網上，但好多apps（手機程式）都上唔到。」他表示，自己曾向教育局求助，但對方建議他到九月份開學時才向學位分配組反映。
何先生並非單一個案，他指在一個跨境學童家長群組，如他一樣未能派回北區學校的例子有十多個，佔群組內一成多，何指一向居住在皇崗、福田、羅湖等地區學生都會選擇在北區就讀，而在深圳灣口岸居住的，則會傾向選擇元朗及天水圍，但現時學額分配未足夠應付需求。
新界校長會副主席朱偉林指，據了解，北區的學校因應疫情，亦接受家長以不同方式遞交申請表格，當中包括電郵、傳真、郵寄、甚至可以第三者為其遞交申請表格；面試方面，他們亦會使用兩地均可使用的視像平台，方便居於內地的跨境學生。他又指按現時制度，即使學校開放「叩門位」予跨境生，朱直言亦絕不能吸納所有原來在北區幼稚園就讀的跨境生。
教育界議員葉建源指未有收到相關求助個案，但對情況表示理解，認為疫情下，跨境學童家長要來港叩門，政府未必會豁免強制隔離。教育局回覆指，因應冠狀病毒病的影響，各學校已採取合適的應變安排，例如透過郵寄或電郵等方式接受「叩門」申請，家長如有需要，可瀏覽所屬意學校的網頁及自行提出申請，惟取錄與否，由學校自行決定。但局方未有搜集跨境學童獲發首五志願的數字。