廣深港高鐵運行必須採用一地兩檢模式才能發揮最大效益，同時有助強化本港與內地主要城市的聯繫，對中央及香港是一件勢在必行、志在必得的事。特區政府明言在爭取民意及立法會支持上，這將是一場硬仗。
上屆政府深知事涉敏感及複雜的政治與法律問題，採取低調但進取的方式，由運房局局長及律政司司長領軍，頻密往返京港兩地，在港澳辦的協助下，與中央有關部門積極磋商，尋找可行方案。
早前人大常委會副秘書長李飛表示，高鐵香港段將按西部通道（又稱深圳灣口岸）方式進行一地兩檢，最終方案會是「新事物」。由於任何方案都無可避免影響到中港兩地的法律安排及產業發展，中央及特區的準備工作必須詳細完備。
市民擔心內地官員跨境執法，如果沒有適度規範，會損害本港高度自治的原則，不符「一國兩制」。有意見認為深圳灣一地兩檢運作多年，既然香港入境處及海關的官員獲得內地授權，可在深圳管轄的聯檢大樓內的劃定範圍內執法，禮尚往來，將這個模式照搬至高鐵香港段的西九總站指定範圍內運作，為何不可行呢？
有法律學者建議將通關手續分拆為「北往、南來」兩段，北上旅客於西九總站清關，內地官員只獲入出境條例授權；南下列車則於深圳停靠，讓中港兩地官員上車檢查，相信每班次只增多額外十多分鐘，影響有限。無論何種方案，必須符合《基本法》。