南丫海難的政府內部調查，用了十個月去完成，但政府拒絕公開報告，對死難者家屬也採取封鎖的做法，僅以摘要的三十頁作出不盡不實的交代。家屬極度失望之餘，公眾也感到驚訝，輿論普遍批評政府未能平衡家屬的關注、公眾的知情權及所謂不干擾刑事調查的考慮等三個方面。
南丫海難涉及重大公眾利益、船舶及海上安全，以香港作為國際主要的航運中心及對海上航道的高度重視，無論從發展經濟、維護海上秩序及涉及民生領域的船隻安全等層次考慮，政府都應該公布報告的內容、詳細交代如何嚴肅追究失職者的責任，以及展示徹底整頓海事處官僚作風的決心，好讓公眾安心。
奇怪的是，今次政府的做法教人感到莫名其妙。在與家屬會晤時，局長無法作出何時公開調查報告的承諾。刑事調查過後，還有公務員的紀律調查，之後還要保障海事處官員的私隱，老實講，如此一拖再拖，少則一年半載，長則兩至三年也說不定，難怪輿論視之為官官相衞，偏偏不顧及家屬的感受及公眾的知情權。
有說法認為政府擔心公開報告，可能會暴露海事處失職的事實及詳細個案，會成為追討賠償的證據，此說亦難以成立。難屬循民事訴訟的途徑向港燈、港九小輪及政府海事處追討賠償勢在必行，只是時間上的問題，相信政府已有心理準備，不應成為拒絕公開報告的理由。較有可能的解釋是政府擔心一旦公開報告，海事處的內部管理混亂不堪，會震驚全社會，進一步削弱政府的公信力。