在北京看來，儘管海峽兩岸還沒有統一，但中國大陸和台灣同屬一中，台灣人民和大陸人民是「骨肉同胞」，今次菲律賓軍艦在「台菲重疊海域」射殺台灣漁民和射殺中國漁民沒有任何區別。因此中國外交部立刻對此「表示嚴重關切」，「對此事件造成人員傷亡表示強烈譴責」，「敦促菲方迅速進行徹底調查並妥善處理這一事件，我們也將繼續密切關注這一事件的後續進展」。
除了外交部的「關切」、「譴責」，北京官方媒體也發表評論，正告菲律賓不可在「海上撒野」，這件事「不會不了了之」。對這一事件，台灣方面也表示要「追究到底」。
菲律賓軍艦今次對台灣漁民的射殺十分野蠻兇殘，該漁船有五十多個彈孔，菲軍殺死一名台灣漁民後，繼續用槍狂掃，完全是「軍人屠殺平民」，是在瘋狂發洩某種強烈仇恨。聯想到這些年中菲在南海、黃岩島等問題上的主權之爭，聯想到這些年菲律賓當局無數次的非法驅趕、拘捕、毆打海上作業的中國漁民，就知道菲律賓的仇恨從何而來，就知道這件事的性質，就知道菲律賓是在用機槍狂掃濫殺手無寸鐵的台灣漁民，同時是在狂打中國的臉！
這件事的背後有「深層次矛盾」，是中菲兩國在南海主權問題上的較量。自從中國奪回了被菲律賓霸佔多年的黃岩島後，菲可說是氣急敗壞。最近菲又玩弄花樣，提出所謂用「國際仲裁」解決島嶼主權爭議，遭我拒絕。同時我又向菲提出從霸佔中國的八個島礁上撤走所有人員和設施，其中包括備受世人注意、有重要戰略價值的中業島。
所有這一切，都令菲律賓當局感到北京在維護主權問題上前所未有的強硬，其對中國的仇恨也因此暴增，瘋狂之下遂拿屠殺百姓出氣，以洩其憤也。