台日因簽訂了漁業協定而擱置東海釣魚島主權爭議，但是自漁業協議簽訂後，我們卻看到兩個極端勢力崛起的後果，安倍政府更加右傾，甚至集合眾多國會議員祭拜靖國神社，修改憲法，讓人憂心日本軍國主義的復辟。
而北京對台日漁業協定的簽訂相當不滿，面對台灣和日本一起在釣魚島海域捕魚，中國只有更加強海空巡弋，以軍事行動來宣示釣魚島主權。北京不能也不肯示弱，潛在的衝突更加嚴峻，東海波濤已因台日的漁權修好政策而更加洶湧。
在釣魚島問題再度造成中日關係緊張之際，美國也表態宣示其立場，美國國防部長哈格爾重申美國對釣魚島問題一貫的政策原則，也就是美國對釣魚島的最終主權不採立場，但美方承認釣魚島由日本管轄，同時釣魚島列島也屬於《美日安保條約》的適用範圍，其潛台詞即如釣魚島起戰火，美日同盟一起來對付。美此番註解定令北京更加的不悅而思反制，但北京的護主權動作，卻被美國批評為升高緊張行動影響區域安全，因此美國反對任何意圖破壞日本行政管轄權之脅迫行動。
兩岸共同保釣一直是北京的期盼，自馬英九提出東海和平倡議，北京冷漠以對，造成台日漁業協定的順利簽署，如果當初北京能回應馬英九的和平倡議，兩岸結合共同以和平方式解決糾紛，就不可能被日本分化。中國崛起雖自稱永不稱霸，但仍處強勢姿態，不願接納台北的建議，應把握此時機作為兩岸政治對話的突破口，增添海峽兩岸的政治互信，而不至於導致今日的日本強硬手段主張日本再起，更導致北京不能示弱，軍事衝突危機潛伏。
現台日漁業協定的簽訂，讓台灣向美日交心，失去了兩岸聯手和平解決爭端的契機。