最近有報道指長期使用含防腐劑的眼藥水會傷害眼球，市民因而擔心自己所使用的配方並諮詢藥劑師的意見。其實，常見的眼藥水，開蓋後能夠存放一個月，這是因為樽內放入防腐劑，得以抑制微生物的污染，藥水才能反覆使用。
防腐劑大致可分為兩大類：洗潔精類及氧化劑類。苯扎氯銨是常用的防腐劑，具有廣泛的抗菌能力，低劑量（濃度為0.004～0.02％）的苯扎氯銨能干擾細菌細胞膜脂質的組合，從而抑制細菌生長。此防腐劑在1910年代首次推出，在1940年代至今都廣泛使用，現時有近七成的眼藥水都使用此防腐劑。至於氧化劑類防腐劑，它能改變細菌細胞的DNA、蛋白質和脂質成分，因而導致細菌細胞死亡。
市民只要根據醫護人員吩咐，不過量地使用眼藥水，不必擔心其副作用。順帶一提，若有佩戴隱形眼鏡的市民，則不建議同時使用外用眼科藥物，市民應在滴眼藥水三十分鐘後才可戴上隱形眼鏡。若他們正在使用軟鏡片時，應選用一些不含防腐劑的眼藥水，因為有些防腐劑如苯扎氯銨會積聚在軟鏡片上，並刺激眼睛。
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