胡錦濤十八大的報告提出兩岸建立軍事互信機制，這是追求兩岸和平，不再兵戎相見，正本清源之道。但台灣內外的情勢相當複雜，讓這議題徒有辯論，難見成果。
外交上，美國是台灣重要盟友，唯美是瞻。更何況，《美日安保條約》將台灣囊括於內，讓台灣站於與美日同盟的地位，台灣也是美國重返亞洲中第一島鏈重要位置，也就由軍事的結盟延伸到政治依賴與經濟合作。
馬英九對建立軍事互信機制冷處理。他表示，建立軍事安全互信機制屬於政治對話，現階段不可行，美國亦決不允許台灣大陸軍事同盟。在釣魚島事件上，台灣方面一再對美日保證，決不與大陸聯手保釣，此態度已相當明確。
其次，軍事互信乃建立在政治互信的基礎上，沒有政治互信，兩岸諜影重重。加上台灣的軍事演習乃是以大陸為目標，大陸也以防止台獨勢力擴張而於沿海布軍，導彈仍是瞄準台灣，在導彈相對下，如何能建立軍事互信的氛圍？
馬英九認為，兩岸探討簽署和平協議的時機尚未成熟。台灣民眾支持兩岸交流，但也不希望走得太快，對兩岸進入政治軍事議題的談判仍然有諸多疑慮。馬英九追求歷史定位，在目前的台灣社會氛圍下，實在看不出他會去觸及政治議題的可能性。
台灣因在野黨的杯葛無法跨越政治議題，有四成五的民眾反對。即使謝長廷訪問大陸，也沒有凝聚民進黨內大陸政策的共識。民進黨是兩岸進入政治談判的最大掣肘，其仇共情緒不可能一夕間消逝。兩岸的敵對氣氛仍存，並不能創造簽訂軍事互信的基礎，更何況大陸對準台灣的一千多枚導彈可能撤除嗎？兩岸在握手與拳頭之間交錯，建立軍事安全機制應建立在兩岸互信的基礎上，目前時機未成熟。