近半船牌過期 海事處懶理
南丫島海難引起港人對船隻安全的關注，審計署發現，原來約三萬艘本地船隻中，近半數牌照過期，部分牌照甚至過期四十年，當中有三千三百多艘船隻的驗船證明書也同樣過期，安全性成疑，對其他港口使用者構成威脅。審計署又指，海事處調查嚴重意外的速度緩慢，八成半個案未能在三十周的目標時間內完成調查，最長一宗個案需時三年多才完成調查報告。
海事處無權取消牌照
審計署審查海事處的紀錄，發現截至今年五月，已領有效牌照的本地船隻有一萬五千六百七十二艘，另有一萬四千五百一十七艘的牌照已過期。這些過期牌照部分可追溯至一九七一年，即逾四十年的舊個案，由於法例規定，只有船東才可要求海事處取消牌照，故該處無權取消過期牌照。
在上述牌照過期個案中，有三千三百一十艘船隻的驗船證明書同告過期，審計署認為，有關船隻欠定期檢驗，如繼續在本港水域航行，可能威脅其他港口使用者的安全，要求海事處針對這些高風險個案採取更適切措施。
根據《商船（本地船隻）條例》，船東如未有為其船隻領牌，即屬違法，一經定罪，最高罰款二萬五千元及監禁一年。不過，海事處海港巡邏組由○七至一一年，每年檢查一萬多隻船，無續牌船的檢控最多不過百多宗（見表），定罪個案的罰款只是由二百至三千五百元不等。
此外，審計署亦評核了海事處進行意外調查的工作進度，發現該處在調查嚴重類別如火警、爆炸、涉及人命喪失等意外時，大部分未能在事發後三十周的指定時間內完成調查報告。在○八年一月至今年五月期間發生的四十八宗嚴重意外中，八成半需時三十三至一百六十四周，平均需時六十九周完成調查報告。
審計署建議，海事處應向所有牌照過期的船東發出催辦通知書，並規定續牌時須出示住址證明，並就逾期續牌制訂適當檢控指引。意外調查方面，則建議海事處加強監管，並盡快完成已逾期的嚴重意外調查。
承諾盡快調查海難
海事處回應會採取適當措施監察船隻牌照是否有效，亦會分階段發出催辦通知書。而為處理過期牌照，會把過期三年或以上船隻列作無效紀錄，並存檔數據庫中。至於三十周的調查目標時限，該處辯指要考慮調查人員未能控制的實際情況，有需要檢討，又承諾盡快完成南丫島海難的調查。