埃及的反政府運動中，最積極的參與者要數當地第一大反對派「穆斯林兄弟會」。而正是這個關係，美國才更加擔心埃及的政權更迭，會否為美國在中東的利益帶來危機。
穆斯林兄弟會是伊斯蘭遜尼派的政治組織。遜尼派佔穆斯林世界裏約百分之八十的教徒數量。一直以來，美國比較親近遜尼派穆斯林人，但卻視佔據百分之十至十五的什葉派穆斯林為眼中釘。美國政府過去積極打擊的中東國家及地區，包括伊朗、伊拉克、巴勒斯坦和黎巴嫩等，都聚集了大量什葉派教徒，而這些教徒一向被美國視為極端伊斯蘭主義者。
然而，穆斯林兄弟會並非一般的遜尼派組織。該組織一向敵視美國的盟友以色列，並且與巴勒斯坦的伊斯蘭抵抗運動組織「哈馬斯」有非常密切的關係，有人甚至說哈馬斯是穆斯林兄弟會在巴勒斯坦的分支。要知道，西方社會一直視哈馬斯為恐怖組織。
反對派的存在乃實現議會內權力制衡的重要因素。美國一直以穆巴拉克政權來抵抗穆斯林兄弟會，惟穆斯林兄弟會仍然能夠在二○○五年的國會選舉奪得五分一議席。不過，在去年十二月的選舉，穆斯林兄弟會卻全軍盡墨，令平衡崩塌。穆斯林兄弟會指控穆巴拉克壟斷選舉，由此造成他們與執政者的敵對情緒，甚或將這情勢怪到美國的頭上。
穆斯林兄弟會很大可能在這次反政府運動中上台；而近日黎巴嫩變天，據聞新領導人亦與真主黨關係密切；再加上伊朗和巴勒斯坦等與美、以兩國不和睦的國家，連合起來發揮影響力的話，定必削弱美國在中東事務上的話語權。