就像抗日戰爭，日方好不容易承認是侵略，承認是「加害者」，卻在枝節問題上糾纏不放。南京大屠殺，日方承認是大型集體殺害俘虜，但是對於被害人數是否有三十萬人、是否殺害平民等，還咬住死纏。其實，放在歷史的學術研究，這些問題可以無限期爭論去搞清楚，而在兩國的歷史研究，不過是要明確歷史大事件的責任。說到底，就是要清算日本軍國主義，還被侵略的亞洲人民一個公道。

但是，日本長期以來對這段歷史沒有痛下清算的決心，老是掩掩蓋蓋、模模糊糊，侵略變「進入」，屠殺變「加害」，說「道歉」還扭扭捏捏，「謝罪」更難說出口。結果，就不能像德國那樣贏得歐洲人的原諒，徹底丟棄二戰的歷史包袱。故如不立下清算日本軍國主義的宗旨，中日兩國共同研究歷史是沒有意義的。

這次中日共同歷史研究在琉球和沖繩歸屬問題上，雙方也存在分歧。日方認為琉球王國時代的沖繩是「日清兩屬」，中方則認為琉球是與清朝存在冊封關係的獨立國家，後被日本奪取。由於日方將釣魚島與沖繩視為一體，沖繩的歸屬牽扯到釣魚島的爭論，所以難有共識。

事實上，日方學者也不斷降低中國對琉球王國的影響，他們雖然承認「琉球」是中國明朝開始賦予當地的稱號，但是強調沖繩文化屬於「日語假名文化」，中方學者則說，琉球文化深受中華文明的影響是不可掩蓋的。