一是迫在眉睫的縣市長選舉。由於一些縣市合併升格，升格縣市推遲一年選舉，令民進黨跨越了許多困難，國民黨不能完全樂觀，這是國民黨和馬政府得民心否的風向標。其中尤其人口最多的台北縣，顯然國民黨現任縣長周錫瑋難以挑戰民進黨的蘇貞昌，若國民黨輸了，必直接衝擊二○一二年的總統選舉。

第二大挑戰是黨內改革。馬英九說要改革地方派系與黑金，地方派系乃草根階層盤根錯節的關係，長期以來坐大地方，左右國民黨的地方選舉運作，現馬英九要掃黑金除派系，提名清新的黨員出來競選，結果在兩次的立委補選中都告失敗，未來如何貫徹馬氏理想落實於勝選上，實是相當艱巨的任務。

第三是黨產的問題。馬英九主張於二○一二年前黨產歸零，不希望總統大選時，黨產又成為在野黨的箭靶子，因之黨產從有到無，引來黨內部分同志的不諒解，甚至今後所有運作及選舉經費均得靠募捐。以馬英九不沾鍋的性格，不會像陳水扁般直接向企業開口，全得靠黨工去募，成效有限。黨的形象清晰了，但日子難過了，巧婦難為無米之炊，國民黨一窮二白，誰能帶領國民黨去化緣，現也已有所憂慮。

馬英九深知國民黨需改造才能立於不敗之地，但恐改造未成身先死，國民黨承諾的百年盛世才剛啟步於眼前，已步履蹣跚。