馬英九在兩岸政策上一直是親自領軍，先經濟後政治，在他這一任內決不觸及政治議題，兩屆任期內決不談統一問題，他還預測在他有生之年也見不到兩岸統一。兩岸政策以讓台灣經濟快速好起來為主要目標，政策路線圖先易後難已十分明確，因之閣揆為何人並非至為重要。若稱有與大陸交手經驗為要，前閣揆劉兆玄並無大陸經驗，但過去一年來兩岸關係也突飛猛進，開放幅度乃分隔六十年之最，可見關鍵還在馬英九。陸委會主委賴幸媛曾為綠營大將，對大陸極為敵視，上任以來與馬英九合作無間，現繼續留任，未來仍是依馬英九之意辦事。

其實兩岸政策的快速走向乃以民意、尋求台灣最大福祉為依歸，馬英九仍以台灣內部和諧為前提。邀達賴赴台即是一例，在宗教及人道立場上，馬英九迴旋空間不大，只有將損害降到最低。近日高雄市長陳菊舉辦電影節，將播放疆獨熱比婭的紀錄片，讓兩岸關係又面臨紅雨警告。兩岸關係能否維持穩定前行，主要在北京對台政策之包容與理解。

馬英九即將接任國民黨主席，而行政院長及副院長均是國民黨副主席，今後台灣不再是黨政分離或以黨輔政，而是馬英九掌黨政大權後展現的以政領黨，國民黨今後一方面作為選舉機器，另一方面不可能脫離馬英九之規劃而單獨向前行，國共間你儂我儂將淡出政治舞台，因之吳朱的上任只可稱是穩定了兩岸關係，而非可讓兩岸關係突飛猛進。