馬英九礙於兩點無法拒絕，一是為水災祈福，民進黨裹挾民意，一旦拒絕必招惹民間怨聲；二是放達賴入台，做幾天功德走人了事，不放他入台，這件事會被揪住不放，到時各種負面因素同時發酵，反而更被動。

在做這個決定前，馬英九當然考慮過對岸的反應，如非實在不得已，斷無在年來國共熱絡交往之際冒破壞兩岸關係的風險。實際上，「安內」是當前急務，先把民怨平息了，兩岸關係的裂縫將來再慢慢修補。

這件事又凸顯了馬英九身兼黨政首腦的弊端。如果只是總統的身份，至少國共兩黨關係方面，還有國民黨主席去周旋，雙方在黨的層面還可以繼續稱兄道弟。現在馬英九以總統身份處置達賴訪台事宜，本身又是國民黨主席，兩邊都被逼到牆角。

內地政府當然也明白民進黨「攪局」，馬英九是迫於無奈兵行險着，但國台辦礙於大是大非立場，又不能不有嚴正態度，因此便形成一個怪現象：馬英九批准達賴訪台，國台辦罵的卻是民進黨，好像達賴訪台這件事，與馬英九沒甚麼關係。

如此看來，中共對馬英九還是手下留情的，盡量不去觸動兩岸關係的敏感神經，而馬英九自然也會「識做」，此事看來應是雷聲大雨點小。