各界對馬英九政府救災表現不滿，連國際媒體都批評不斷，ＣＮＮ舉辦的網絡投票甚至有高達八成的網友認為馬英九應該下台負責，這也是有史以來美國的傳媒公然干預台灣的內政。

馬英九以清廉形象當選總統，但在莫拉克的考驗下，民眾覺得無能比貪腐更為可怕，台灣要的是劍及履及、有魄力、有執行力的領導者，在這混沌的時局中，不少人懷念起當年全台跑透透親力親為的宋楚瑜，執行力成了今後政府官員首選的資格標準。

馬英九在全民不能理解更不能諒解下，概括承受了所有救災的失誤緩慢，也必須承擔所有的怨言抨擊。在馬政府的政治風暴中，首先受衝擊的是婉拒外援的外交部，外交部政務次長夏立言已請辭獲准。另外，第一線指揮官、國防部長陳肇敏，這位獲馬英九重用的綠朝權貴，在救災工作上軍方太晚動員地面部隊，是政府救災飽受批評的主因。國防部前有買官案，現又有救災問題，陳肇敏不下台實難以洩民憤。

救災不力，地方縣市也應該承擔很大的責任，現監察院已開始着手調查救災延誤之原由，看來颱風過後，正醞釀更大的政治風暴。

馬英九萬箭穿心，特別召開記者會說明，未來將成立災害防救署，更重要的是，未來台軍也將把災害防救納為中心任務，同時會把原欲向美國採購六十架黑鷹改為四十五架，省下約三億美元（將近一百億元台幣），將挪為後續災後重建之用。馬英九正力圖挽回民心，降低政治災情。