上訴至終審法院

教區與當局就《校本條例》分歧之處，在於條例規定所有津貼學校在二○一○年之前作立法團校董會，但訂明辦學團體只可委任法團校董會內六成代表，令教區及部分有宗教背景的辦學團體擔心一旦加入其他校董後，不能貫徹其辦學理念，故拒按要求成立法團校董會。

前主教陳日君曾多次與負責推動條例的前教育統籌局局長李國章隔空展開罵戰。教區更於○六年提出司法覆核，指條例違反《基本法》，但原審時被判敗訴，教區旋即表明上訴至終審法院。

終審庭已排期今年十一月進行聆訊，惟教育局去年十月起「放風」，表明有意將學校籌備成立法團校董會的限期推遲兩年至二○一一年七月，並於今年五月獲立法會通過。當時教區表明歡迎有關決定，認為可幫助學校有更多時間討論。詎料一波未平一波又起，今次天主教學校拒絕參與校本自願驗毒計劃，令教區與政府關係再現新裂痕。