對此，馬英九一口回絕，認為海峽中線是空軍演訓場所，對台灣安全關係至大。台灣「國防部」也表示，由於北京始終不放棄武力犯台，兩岸直航必須以確保國務安全為首要考量，在北京還沒有調整對台軍事部署前，兩岸航運應維持現狀。

台灣方面「決絕」回應，北京是一早料到的。王毅的「開放海峽中線」提議看似「唐突」，其實是「謀劃深遠」的一部分，是為了以此為切入口，盡快促使台灣就兩岸設立「軍事互信機制」、簽署「兩岸和平協議」展開商談。只有解決了這兩道「政治難題」，台灣的所謂「安全考量」才會變得沒有意義，才會不能成為拒絕「開放海峽中線」的藉口。

當年兩岸還沒有實現「三通」的時候，民進黨政府就聲稱兩岸飛機直航會威脅台灣安全。有人甚至「描述」，如果航班直航，飛機裏會載滿裝扮成遊客的解放軍「突襲台北」，這樣，台灣危矣——如此幼稚可笑的想像也曾經成為民進黨人拒絕「三通」的藉口。現在，「三通」實現了，解放軍裝扮成遊客「突襲台北」的「軍事想像」藉口沒有了，卻又有了「空軍演訓場所」、「台灣本島空域縱深短淺」的說法來擔憂「台灣的安全」，以拒絕「開放海峽中線」。

其實，台灣軍方和馬英九都十分清楚，兩岸若真的關係緊張惡劣，要打的話，「海峽中線」在此之前開放與否根本沒有關係。能夠真正保障台灣安全的，是台灣永遠棄絕「台獨」妄念，是兩岸不斷發展和平關係，是兩岸簽訂和平協議，設立軍事互信機制，是最終走向和平統一，這才是台灣方面應該認真考量，不斷坐言起行、有所作為的問題。