《金陵十三釵》以一九三七年南京大屠殺為故事藍本，講述當時日本侵華，十三名秦淮河妓女為逃避日軍追殺，慌忙跑到美國興建的教堂避難。起初妓女與神父、女學生發生不少摩擦，後來眾人因深感亂世之誤，何不偷生盡享時光？所以冰釋前嫌，把酒作樂狂歡。可惜日軍始終沒有放過她們，年僅十五歲的妓女豆蔻慘被輪姦，日軍更在聖誕夜再到教堂搗亂，神父即安排女學生到軍營唱聖詩，剩下的十二名妓女則喬裝學生深入日軍軍營對抗。