台灣聯合號海釣船在釣魚島南方約九公里處，被日軍艦艇撞沉，船上十六人被救起，其中十三人先送回台灣，船長何鴻義等被帶到日本石垣島後被釋放。後經多方交涉，日方道歉並賠償一千多萬元新台幣。

二○○五年十月八日

台灣五十噸級龍榮二號漁船在日本沖鳥礁近海灣被日方指違法越界捕魚，遭日本海上保安本部的巡邏船扣押，船長林王祥及船員共八人被扣留，最後由船東支付四百多萬元新台幣保證金後，人船才獲釋放。

二○○一年

蘇澳籍德發三十八號漁船在收漁具時，誤闖日本海，被日艦撞沉，船長姚坤明與四名大陸船員被扣。後來姚被罰三十萬元新台幣，判刑兩年，緩刑三年。