召集各部門連夜開會

台灣駐日代表處得悉海釣船被截查後，駐日代表馮寄台與亞東關係協會秘書長陳調和、駐那霸辦事處處長李明宗等徹夜與日方交涉人船釋放事宜，駐那霸辦事處還派員前往石垣島協助處理事宜。

台灣的國安高層也漏夜邀集外交部、海巡署、漁業署等相關單位，連夜開會討論，再根據各單位提出的說明與建議，達成透過外交途徑解決的共識，希望日方盡快釋放船隻和船員。

台灣的外交及國防委員會召委周守訓稱，已對事件進行了解，但他擔憂這是日本政權輪替交接期間，日方對台日過去默契認知的轉變。而台灣的台外交部發言人陳銘政則表示，雙方目前正積極交涉，相信事件不會造成台日關係惡化。

此外，去年於釣魚島水域遭日本的海巡艦撞沉，其後獲得日方賠償的聯合號海釣船船長何鴻義亦都表示，台灣當局應該更加積極捍衞主權及漁權。