因未獲入境處批出工作簽證，台灣搖滾樂隊「閃靈」在香港舉辦的演出取消。本港有媒體在對曾鼓吹台獨的樂隊成員林昶佐的採訪報道中，加註該媒體立場「反對台獨」。記協發聲明指，媒體不應表明立場，這種做法「儼如畫蛇添足，反令人擔心傳媒對敏感議題有所畏懼」。
有市民批評，記協對其他反中報道從未指正，對該媒體的指摘才是畫蛇添足，記協的做法「證明記協並不反對台獨及港獨」，「實際就是暗中助獨」。
記協聲稱多年來致力維護新聞自由及新聞操守，但記協過去發表的言論及新聞稿，立場都明顯偏頗。例如記協暗中助獨早有前科，香港外國記者會邀請「民族黨」召集人陳浩天演講「播獨」，記協立即出聲明聲援，更於年報記者會上以「新聞自由」為陳浩天護航，猶如「港獨代言人」。
記協的雙重標準，露骨表現在一貫袒護反對派金主黎智英與他掌控的《蘋果日報》。壹傳媒旗下多份報刊屢次刊登支持港獨的文章，違背新聞操守及道德，但記協甚少發聲明譴責壹傳媒和黎智英。黎公然恐嚇東方報業記者，記協對事件一直噤若寒蟬，不滿記協做法的網民在其網上專頁留言，質疑記協為何不譴責黎智英，記協仍迴避問題。直到網上出現一篇印有記協標誌的譴責黎智英聲明後，記協隨即澄清，譴責偽冒聲明並報警求助。
記協暗中助獨與雙重標準，觸碰「一國兩制」底線，違背了身為新聞從業員組織的專業操守，已經失去公信力。