在內地的五大政法部門中，司法部一直是最弱勢的一個。公安、國安、法院、檢察院，各自掌管查案、審案大權，相比之下，司法部負責的基本是其他部門剩下的「邊角料」，譬如普法、法援、律師、監獄等等，以至於從上世紀五十年代至七十年代，司法部被撤銷了二十多年，足見其可有可無。被開除黨籍的原司法部部長吳愛英，「工青婦」出身，居然執掌司法部長達十二年，資歷僅次於周小川。這倒不是因為她的能力有多強，恰恰說明司法部無法可司，各派系不屑於爭搶，難入法眼也。
今年的機構改革中，司法部改革被認為最「名不正言不順」，因為中央全面依法治國委員會辦公室設在了司法部，而該委員會負責統籌立法、司法、執法、普法、守法等所有涉法工作，牽涉黨、政、人大、法檢兩院各大系統，卻沒有獨立單設辦事機構，反而設在一個行政單位，於法理上有乖治體。等同於以行政單位來處理立法、司法（法檢兩院）兩家的事情，法治委辦公室成員包括了全國人大法律委員會主任委員李飛、司法部黨組書記袁曙宏、政法委副秘書長景漢朝等。不過，這倒是以實際行動貫徹了首席大法官周強所說的，堅決抵制西方「三權分立」錯誤思潮影響。
而正是由於這一新體制，帶來了兩方面影響。其一，司法部雖然名義上仍屬於國務院部門，但由於作為中央法治委的辦公室，相當程度上已經劃歸黨管。這與國安部與中央國安委辦公室加強融合類似，是握緊「刀把子」的舉措。其二，司法部借由法治委的大旗，地位大為抬升，除了其原來職能，又兼併了國務院法制辦公室，加之法治委的新增職能，實現三合一。實際上，法治委辦公室之所以設在司法部，原因之一就是出於平衡各政府部門權重的考慮。
而司法部內設機構也急速膨脹至二十多個局。原來政法系統各部門中，只有司法部設司，其他公檢法都設局。與司相比，局更具獨立性和權威性。新舊對比來看，司法部新增了四個立法局，分別負責經濟、教科文衞、政法社會、環保資源等方面的行政立法，收編了原國務院法制辦的大部分人馬；同時增設秘書局、調研局、督察局，具體承辦中央法治委辦公室事務。
值得注意的是，原司法部律師公證工作指導司撤銷，而獨立單設了律師工作局。在此之前，去年中央成立了「全國律師行業黨委」，由司法部副部長熊選國擔任黨委書記。類似這種全國性的行業黨委，是極其少見的。全國有一萬六千多家律師事務所按要求建立了黨組織，並且正在籌建全國律師學院，作為「律師黨校」，培養又紅又專的律師。這些措施無疑是為了加強對律師職業的管控，納入統一領導的範疇。前些年就公共事務發聲的公益律師們，已漸漸被收割完畢，而法律援助、公證、司法鑑定等，則被「拼盤」合併為一個公共法律服務管理局。
不過，目前內地的司法分工體系仍存在值得改進之處，譬如法院不僅負責審案，民事裁決、行政裁決的執行工作，亦由法院自行負責，不僅牽涉大量精力，且效果不佳，大量「老賴」的存在就是明證之一。這是司法改革需要解決的迫切問題。
由於中央原本設有政法委，在新設法治委之後，二者權限如何理清，受到外界關注。雖然法治委辦公室設在司法部，但法治辦主任由政法委書記兼任，這一安排實際上即明確了二者上下、主輔關係。法治委是最高層領銜的決策機構，而政法委則只作為一個領域的工作部門，完全不復當年周永康時代獨當一面的影響。