廣深港高鐵一地兩檢草案在一片爭議聲中，於立法會三讀通過，完成一地兩檢法律基礎「三步走」程序。不過，一地兩檢草案通過，可能只是爭議的開始，除了涉及法律觀點與角度繼續纏繞未解決，從實務層面出發，高鐵列車試車期間的甩甩漏漏，亦令高鐵能否如期通車蒙上陰影。
高鐵一地兩檢方案，最爭議之處是涉及在西九龍總站劃出「內地口岸區」，實施內地法律法規，惟有關爭辯未有隨着完成「三步走」程序而落幕，有提出司法覆核申請的政界常客，已預告會循法律途徑挑戰一地兩檢草案。
至於議會層面，建制派及泛民於一地兩檢的法律理據南轅北轍，前者以全國人大常委會的一地兩檢決定一錘定音為依據，後者質疑一地兩檢方案違憲，破壞一國兩制，因此，直至高鐵正式通車前，法律爭拗繼續是無休止。
此外，自從港鐵四月一日就高鐵香港段試車營運至今，事故一單接一單，這亦對高鐵能否如期通車帶來很大隱憂，首先曝光的事故是列車試運行僅三天，便在石崗車廠發生出軌事故；其後又有高鐵隧道及車站漏水，其中西九龍站地下一層售票大堂嚴重漏水慘變「水簾洞」，令人擔心高鐵香港段是否準備就緒。另一個更困擾市民、影響更深遠的是，原來高鐵列車「又嘈又震」，過去兩個月在西九龍至深圳的地底穿梭試運行，令元朗多條村落及私人屋苑無日安寧。有專家警告，若然加裝隔音設施作用有限，最壞情況是高鐵列車經過有關路段時或要減速。
以上種種懸而未決的問題，當中法律問題勢必要到法院解決，至於涉及高鐵操作實務問題，政府、港鐵仍有主導權去逐一拆解，但距九月通車目標僅餘三個月時間，任何一個環節出錯，都會出現一子錯滿盤皆落索的多輸局面，屆時高鐵香港段不但不會成為港人的驕傲，更隨時成為國際笑柄。