一地兩檢的法律爭議，在體制上是內地大陸法與香港普通法的矛盾，兩者性質不同，銜接不易。但在《基本法》制訂過程裏已清楚地劃分範疇：自治範圍用普通法，與中央政府和內地的關係便只能由人大直接解釋，便必然應用大陸法的原則。兩者的界線清楚，不容混淆，兩種法制便不會構成衝突。這樣的體制問題並不罕見。例如歐盟之內有歐洲各國實行大陸法，英國實行普通法，兩者整合也同樣有許多問題，也因此有不少制度創新的做法。中國在香港實行一國兩制，香港司法獨立並設有終審庭，亦屬制度創新的做法，在國際的法律體系方面可成先例，供他國參考。