草案文本表明符合基本法條文

與18條不同 非全港實施全國性法律

草案文本除了提到一地兩檢符合《基本法》第七條外，又提到符合《基本法》關於港府應當制定適當政策，促進和協調各行業發展、提供適當的經濟和法律環境促進經濟發展等規定。港澳辦主任張曉明在草案說明文件亦提出六條《基本法》條文（見右附表），說明港府與內地簽署《合作安排》的權力來源。

社會較早期曾認為，就一地兩檢可考慮引用《基本法》第十八條，香港律政司司長袁國強曾以《基本法》第二十條為依據。草案亦有觸及第十八條，當中提到內地派駐西九龍站內地口岸區的機構依照內地法律履行職責，其範圍嚴格限制在內地口岸區之內，不同於第十八條規定的，將全國性法律在整個香港特區實施的情況。

並非簡單一個條款能解決通關問題

全國人大常委會副秘書長李飛在記者會上，亦有列舉港區全國人大選舉在香港舉行作例子，解釋不是凡事涉及全國性法律均要以《基本法》第十八條納入附件三。至於第二十條，李飛就承認港府及內地法律專家、部門也曾考慮適用，但此條不能完全解決問題，「不能說它錯」，但「一地兩檢」並非一個條款能解決。李飛又指，一地兩檢是新事物，《基本法》是憲制性法律，不可能事無巨細事先作詳細規定，所以《基本法》並非簡單的適用某一條去解決現時的情況。