社署整筆撥款制度推行十七年，屢被批評弊病叢生。審計報告披露有十四間獲津助的機構自一三年度起連續三年虧損，其中八間耗盡整筆撥款儲備，需用其他收入補貼。這反映社署監管不力，必須盡早介入社福機構財務狀況。
直至今年四月，社會福利署透過整筆撥款共一百二十五億元，讓現時本港一百六十五間非政府的社福機構自行調撥運用，最新一份審計署的衡工量值報告揭發了部分社福機構涉隱瞞運作、大花筒及帳目混亂等八宗罪。立法會政府帳目委員會已決定跟進社署監管整筆撥款的問題。
社會福利署現時對各社福機構的監管不足，部分社福機構在營運上並未完全遵守《執行指引》。同時，根據審計署的資料，二十間機構於一二至一三年度到一六至一七年度期間，連續三年或以上未達服務成效標準，卻仍然獲得全額整筆撥款津助，反映整筆撥款的制度實有改善的空間。另一方面，資助福利服務的現行收費及費用自九七至九八年度起便一直凍結於目前的水平，為節省資源，部分機構不但減少前線員工數量，亦遞減了員工晉升的機會，更被詬病為肥上瘦下，導致人才流失的問題日益嚴重。
整筆撥款津助制度原意是提高效率和成效、改善質素、鼓勵創新、加強問責和提供彈性。儘管社署已推出《執行指引》，並鼓勵各社福機構作「自我評估」，卻成效不彰。勞福局已責成社署成立工作小組檢討整筆撥款及提出改善建議。政府檢討整筆撥款時亦應檢討管治及監察問題。