申訴專員公署調查報告狠批海事處「表現極度差劣，不作為的程度難以想像」，是有充分證據支持的，不容該處抵賴。公署批評若非主動調查產生足夠壓力，海事處未必會做跟進工作。在南丫海難發生快將四年之後，海事處的不思進取，依然故我，實在教公眾難以接受。
倫明高委員會的調查報告發表之後，當時政府知道「大件事」，實行亡羊補牢，徹底整頓海事處以挽回民心。當日政府承諾，由運房局局長親自領導「海事處制度改革督導委員會」，主持整頓部門，包括管理、發牌、規管、巡查及執法等範疇；處方會委聘國際海事專家做顧問，就改革提供意見；局長更期望可在四至六個月內提出改善部門工作程序的建議，然後逐步落實。
轉瞬間已是三年過去，運房局所作的承諾，未知已兌現幾多，有待局方作答。倫明高委員會曾經提出不少改善建議，比如處方應規定驗船主任和驗船督察以書面紀錄更改船隻發牌條件的詳細理由，並以書面通知上司及相關船東或經營者，以收防治舞弊行為之效。
委員會又建議處方應就轄下人員批核圖則和檢驗船隻訂明分工安排，驗船或檢查證明書應附有驗船主任簽署的聲明。對海事處的改善建議，實在合情合理合法，倘若處方有決心改革流弊，應該不難落實，這也是做好海事安全的基本職責。
不過來自申訴專員公署的調查報告，證明海事處「不求進取，但求無過」的官僚文化似乎未見改進。期望運房局及處方認真回應，作出改善。