申訴專員公署運用主動調查權，介入海事處內部索取資料，探查處內對海上事故調查過後的跟進措施有否落實時發現，不少個案「資料甩漏、混亂不全」，「跟進不足、監察不力」。申訴專員以罕有的用語：「表現極度差劣，不作為的程度難以想像」來狠批海事處的管理文化，有如當頭棒喝，擲地有聲。
一二年十月一日南丫海難發生後，政府委任倫明高法官主持獨立調查委員會展開深入調查，翌年四月下旬發表的報告，對海事處的批評，與申訴署的報告內容十分相似，可以說得上是前後呼應。在大量佐證的基礎上，充分揭示海事處敷衍塞責、得過且過、有法不依的「極度差劣表現」。事實俱在，不容抵賴。
倫明高報告批評因循的管理文化在海事處管理層中頗為普遍，以致在執行監管時重重出錯；處內上下級之間溝通不足，未能發揮「本地船舶安全」的效能；安全組從屬關係混亂，在實際運作上，嚴重缺乏監察機制。更可怕的是，報告直指海事處備存運作記錄及行政記錄混亂，又遺失部分記錄，員工習慣口耳相傳指示，以致無法追溯政策的商議及決定過程。
前後兩份調查報告稍作比較，不難發現批評的論點一致，分別只是倫明高報告語調溫和，申訴專員公署則不留情面，痛擊要害。
市民有理由懷疑海事處的營運完全沒有章法，淪為自把自為，即使海難發生快將四年，其組織文化依然故我，不思進取，所謂徹底改革，僅停留於口中而已。