震驚全港的二○一二年南丫海難之後，海事處被揭發內部管理混亂、官僚作風滲透整個部門、有法不依等，結果申訴專員公署決定啟動主動調查機制。調查報告正式公布，申訴專員狠批海事處，用語空前凌厲，直言「表現極度差劣，不作為的程度難以想像」。
記憶之中，這是迄今為止，申訴專員對政府部門作出的最嚴厲批評，引起社會強烈回響是可以預期的事。調查報告再次證實海事處內部管理混亂不堪，以「自由放任模式」來形容並不為過。
原來早於二○○○年發生的一宗政府船隻意外調查報告，處方認同須檢查同類船隻的水密門，卻只是說了便算，實際上從來沒有任何跟進措施。難怪南丫海難中，「南丫四號」的水密艙沒有裝上水密門，以至撞船意外發生後，極短時間內即迅速下沉，最後導致三十九死的慘劇。
申訴公署的調查發現，至少有五宗事故調查個案的跟進改善補救工作付之厥如，其中一宗更要延至八年零七個月後，處方才「補鑊」。令公署震驚的是，上述五宗個案如非公署主動介入索取資料，海事處根本沒有任何行動跟進。
申訴專員直言，海事處之不作為，部門管理層縱容下屬自由放任，猶如「信差」，將建議通知機構或船公司後，「咁就當做咗工作」，試問人命關天的海事安全，市民能夠依靠海事處把關嗎？南丫海難發生之後，政府曾言之鑿鑿，信誓旦旦，確言會整頓海事處，未知進度如何？應該向公眾作出交代。