港珠澳大橋工程步入尾聲，大橋管理局的工作重點，也隨之由推進和監控工程項目，逐漸轉向為大橋落成後的營運、管理和維修保養等方面制訂規則。
由於涉及香港、澳門和珠海三地的不同體制，所以當中的協調難度一點不會比興建的困難為小。大橋興建過程中不斷湧現技術創新，而現在需要的則是制度創新。為此，管理局最近不斷邀請法律、商務、交通、航運等不同領域的專家進行交流，集思廣益。最近一次，是邀請了由清華大學校友組成的「清華心智庫」共同舉辦研討會，探討如何通過大橋的紐帶作用，從市民交往的角度出發，由下而上構建新的三地關係和相關的管理制度。
面對珠三角地區逐步成型的世界級城市群，的確需要新的管理思維，避免受現有體制局限了發展；這更多是一種方法論上的改變。例如與會者提及，對於汽車的通行，能不能夠不以傳統的三地作為基本單位。其中一個方案，是否可以考慮從澳門和珠海而來的汽車，經過港珠澳大橋到達香港，但是只限制能夠途經大嶼山、前往西部通道、經過西部口岸再進入深圳；這樣大橋的功效便可以大為提升。此外，對於三地汽車的進出問題，是否應該摒棄過去的對等原則。例如澳門面積較小，沒有能力容納太多的車輛，所以澳門的汽車可以更多地進入面積較為廣闊的珠海地區，相反在珠海註冊的內地汽車，則不可以獲得對等待遇進入澳門；這是一種考慮實際情況而提出的構想。大橋的管理制度是嘗試打破思想界限好機會。