台灣進入執政的空窗期與政權交接的尷尬期，馬英九要到五月二十日才卸任，而新總統蔡英文現已有準總統的身份。政權交接，國事如麻，凸顯了憲政的矛盾與困局。
照理說，馬英九已成了看守總統，國民黨也成了看守政府，民進黨希望國民黨在這四個月交接期不要有任何暴衝政策，以求政權的和平交接。但是，國民黨仍為執政黨，不能怠懈，做一天和尚撞一天鐘。馬英九也矢言必盡力到最後一刻，過去八年來未能完成的心願、未執行完畢的政策，也將繼續推動完成。馬英九甚至計劃於卸任前要赴中南美洲訪問，但民進黨卻認為這場「畢業之旅」耗費公帑，無此必要。
其實，政權的和平轉移，在過去兩度的政黨輪替中已展現過，但過程中仍有風波。例如陳水扁下台前，總統府買了大量的碎紙機，日夜不停地碎掉一些業務機密，令國民黨十分緊張。現在，民進黨希望盡快完成總統職務的交接程序，並且對現任政府作出諸多限制，國民黨只有審慎應對。由此可見，地位交換，立場不同，正所謂「屁股決定腦袋」，無論哪一政黨均有其罩門。
當前，藍綠政黨正密鑼緊鼓地展開交接的準備，雖然已歷經兩次政黨輪替及交接，但兩次都因機密交接問題引發爭議。陳水扁當年抱怨李登輝沒留國安檔案給他，馬英九接任後發現總統府有三萬六千件公文不知去向。因着過往的經驗，國安及機密公文如何交接成為社會關注焦點。尤其是民進黨關切馬英九政府任內執行兩岸ＥＣＦＡ洽簽及「習馬會」等的決策過程，是否能確保如實交接。
每個執政黨都有不能說的秘密，現在只求一切順利交接。美國有智庫指出，應讓新政府聽機密簡報，並建議蔡英文保留陸委會團隊，以向大陸及美國傳遞和平信號。