國民黨的本土派人士串聯將組新政黨「台灣國民黨聯盟」，並要求黨中央換下洪秀柱，這就是國民黨全代會二十秒鼓掌通過洪秀柱代表出征的結果，即強壓下蠢蠢欲動之本土派的後遺症。國民黨中央想展現權威卻落得分崩離析之局，種種困境已困住了國民黨，選前情勢詭譎讓國民黨無法全力應戰，洪秀柱無奈回應稱「無所謂啦！」
台灣國民黨聯盟據稱是由中部地方大老主導，要求國民黨必須在總統及立委選舉有積極作為，否則將會出現比現在更嚴重的跳船。這動作乃是衝着黨中央，不滿對洪秀柱的快速提名，「換柱」訴求不斷。
本土派人士策劃籌組台灣國民黨聯盟，為國民黨投下一枚深水炸彈，使得黨內最深層尖銳的矛盾與對立逐漸浮上枱面。本來黨內本土派就認為國民黨親中，向中國靠攏，提名的洪秀柱又是深藍背景，趨統的理論，都與本土派格格不入。在洪秀柱正式參選後，雙方的歧見加深，反彈的情緒轉化為動作，在選前或許按捺不發，但選後黨內本土與深藍終將一戰。
李登輝擔任國民黨主席時，這兩股勢力共存，李有實力可壓住兩派成為國民黨壯大之時期，馬英九執政後壓制本土派，二○一三年的九月政爭想鬥掉本土派龍頭王金平，讓本土派至為不滿而伺機反撲。
本土派在黨內不願直接訴諸對立，但是，這次大選壓下王金平，尤其黨主席朱立倫也屬意王金平出來，都被馬英九擋下，使得矛盾激化，國民黨內兩股勢力，看來激鬥無可避免。
黨中央現無法換柱，因她是經黨的程序選出，同時洪背後的統派也藉機展作為，將來力推洪秀柱當黨主席，尋回求統的中國國民黨，屆時就會中國國民黨大戰台灣國民黨，一決勝負，敗者出走了。