近日有不少關於行政長官地位問題的討論。跟「三權分立」相似，這更多是一種政治關係的描述。
據《基本法》第四十三和第四十八等條文， 行政長官的身份相當複雜：他既是香港特區的首長，代表香港特別行政區，負責領導特區政府。同時據第四十五條第一款，行政長官由中央政府任命，所以這個職位也是負責香港事務的國家官員。這樣便使行政長官在香港政治體制，扮演着中央和特區關係的一條重要紐帶。這樣的角色，在《基本法》中對於行政、立法和司法機關的描述都並不存在；應是這職位的獨特之處（或被描述為「超然」）。
事實上，根據《基本法》第四章的立法結構，組成整個特區政治架構的，包括行政長官、行政、立法、司法機關和區域組織。我們理解時並不應該直接把行政長官和行政機關混為一體，一般容易有這樣的觀感，是因為行政長官由個人擔任。可是從了解體制的法律角度來看，行政長官是一個機構。
至於這個機構的職權，以及跟其他幾個政治機構的關係如何，並不由上述的關係來作決定，而是根據《基本法》的規定而行，其中第四章和第二章便是相關內容的主要章節，例如香港社會普遍較關心的司法運作，在《基本法》的第八十、八十一、八十五等條文，均規定司法機關例如獨立進行審判的工作模式和權限。至於行政長官與司法機關的關係，則包括第四十八條第六款、第八十八等條文，規定了行政長官如何任命法官的制度安排。