現時前往管制站的落馬洲路及下灣村路均屬雙線雙程行車，運輸署承認近月使用的士進入落馬洲支線管制站的過境旅客人數上升，導致支線交匯處及其連接道路出現擠塞，但礙於地理環境限制，並無足夠空間進行擴闊道路工程。
為紓緩道路擠塞情況，運輸署發言人稱，該署將增加管制站的士落客位置由四個增至八個；以及在非學童使用時間及假期開放兩個學童巴士上落位予的士作落客之用，藉此改善的士上落客及交通擠塞情況。