全長二十六公里的高鐵香港段，手尾卻似乎有十萬八千里長，除了工程延誤及嚴重超支備受詬病，一地兩檢如何落實也成為棘手難題。如果一地兩檢觸礁，最終變成兩地兩檢，高鐵得物無所用，近千億元投資就等於拋落鹹水海。
一地兩檢本來不是甚麼新東西，早在○七年深圳灣口岸開通時已經嘗試過，當時是全國人大常委會授權港府於深圳灣口岸港方口岸實施管轄，隨後由香港本地立法，由於有關安排是讓香港的法律在內地執行，屬於香港方面的「擴權」，內地大度接受，香港也沒有甚麼阻力，因而落實暢順。今次高鐵則不同，若在九龍總站執行一地兩檢，意味着內地執法部門將在香港境內執法，難免觸動部分市民的神經，反對派勢必借題發揮，爭議將沒完沒了。
不可不知，高鐵項目上馬以來是非不絕，除了港府監管不力導致工程延誤及超支，還因為高鐵本身帶有「原罪」。近年來，中港矛盾惡化，本土思潮蔓延，港獨甚囂塵上，有些人一概排斥中港兩地發展緊密經貿關係及加強人員往來，而由內地延伸到香港的高鐵被視為內地影響力對香港的「入侵」，也就不足為奇。在這種情況下，在香港境內實施一地兩檢就變得更加敏感，有可能被貼上「喪權辱港」的負面標籤。反對者擔心一地兩檢此例一開，日後內地可以進一步獲得在香港執行其他內地法律，以致一國兩制蕩然無存。事實上，反對派逢中必反，落實一地兩檢的阻力之大可想而知。
鑑於內地部門在香港執法阻力不小，有人建議引用《基本法》相關規定，經過內地授權，由本港人員替代內地出入境部門，在港為旅客辦理入境手續。此建議拋磚引玉未嘗不可，不過可行性實在成疑，原因是有關主張完全從香港角度出發，莫說中央未必認可，內地民意亦很難接受。在內地人心目中，部分港人自高自大，自私自利，慣以「兩制」對抗「一國」；也肯定會有人說，既然在深圳灣口岸管理方面內地已經禮讓香港，為甚麼在高鐵過關方面香港不能互惠一次，為甚麼次次都是香港優先？
事實上，一地兩檢本來不是甚麼大問題，因為即使內地人員在高鐵九龍站執法，也是嚴格局限於海關範圍內，而且在具體操作上，還要經過本地立法程序，某程度上香港仍可以把關。可惜在泛政治化的情況下，無風都可以起浪，何況一地兩檢涉及到執法管轄權的問題，的確有爭議。接下來本港將有多場選舉，分別是區議會選舉、立法會選舉以及特首選舉，一地兩檢爭議有可能進一步發酵，本已一波三折的高鐵工程將雪上加霜，最終淪為爛尾工程並非不可能。
一波未平一波起，高鐵命途多舛，就算最終建成，但若沒有一地兩檢的安排，高鐵無法體現高效、快捷，還有甚麼意義？香港拒絕與時俱進，被徹底邊緣化恐怕難以避免。