克拉運河將重塑亞太區的經濟和政治格局，對香港影響甚大。日後通過運河的船隻，將先經過香港，然後抵達上海或東北亞。現時新加坡因為控制着馬六甲海峽作為必經航運路線而發展的航運、物流、金融中心，必定會受到很大衝擊。香港和上海的地位將被強化，分流新加坡的作用。香港本來就是一個自由港，擁有良好基礎條件。至於上海，發展自由貿易區也就是整個大計劃中的小配套。
對香港，這是另一次騰飛的機會。過去香港因為內地門戶不開放，香港作為進出內地貨物和資金中轉站的角色而得到發展。可是隨着內地的開放，香港的獨有地位消失了，也隨之而被邊緣化。相反新加坡手握馬六甲航道咽喉，自然而然成為區域中心。這次香港的角色不一樣了，不是依靠內地關門而來的壟斷地位，而是運河航線上必經的第一個大型港口。
此外，運河的開通將使南海成為世界最繁忙的水路交通樞紐。這也就解釋了中央在南海島礁行為對日後的投資和安全意義。
在區域戰略格局上，美國一直以來通過新加坡軍事基地控制馬六甲咽喉，手握着世界第二和第三大經濟體中國和日本的生命線。運河通航後，中國將通過控制克拉運河和南海而有能力自行確保航道自由，反制美國。中國在亞洲的話語權將加強，美和星的地緣作用會迅速下降。最近美國的「重返亞洲」戰略、中國的南沙群島建設以至美國克里訪問中國，都是這場政治經濟大戲當中的對弈。