馬英九剩下最後一年任期，在九合一選舉國民黨敗選後，馬英九辭去黨主席，就被稱為跛腳總統、看守政府，馬英九心有不甘，但若他以積極作為來證明自己握有實權，卻又讓國民黨內為之憂心，擔心造成黨主席與總統兩個紅太陽之爭。
朱立倫以黨內和諧為要，不承接對王金平的訴訟方式，在中常會裁示「王金平確認為本黨同志並無疑義」，讓王金平黨籍案技巧性消失，馬英九對此表示反對，以個人名義發出聲明，洋洋灑灑寫了一千四百字，措詞強烈，毫不掩飾其心中不滿與不甘。馬強調面對大是大非的司法關說爭議，國民黨不能鄉愿，認為應給百萬黨員一個交代。馬英九的指導棋不僅讓朱立倫為難，也讓黨內不安，同時馬是否還會再追擊，也牽動台灣政情。同時當時洩密給馬英九的檢察總長黃世銘也已因洩密罪被判刑，整個情勢及社會氛圍，對馬英九不利，而馬英九仍逆勢而為。
原本馬英九在剩餘的任期內仍可有所作為，只可惜官員紛紛跳船。當年的八百多萬票當選的高人氣，執政六年多來消耗殆盡，馬英九看盡政壇冷暖，頗為不甘心，要下指導棋，讓追求黨內和諧的國民黨充滿了變數。
現國民黨內甚至有聲音希望馬英九能給朱立倫多點空間，朱接任黨主席必想有新氣象，有所作為，馬英九的指導棋難免讓朱立倫為難。
新春伊始，馬英九難得拜會了黨內大老連戰、吳伯雄，尋求黨內和諧。過去屢傳馬英九對大老們不尊重，今在和諧團結的旗幟下才能給國民黨帶來新氣象。後馬英九時代應做的是和諧黨內外，而不是為堅持己見的下指導棋，對國民黨更有幫助，馬英九應先團結黨內，起正面效應，共同為二○一六打拚。