南丫海難慘劇暴露海事處對船隻安全的監管存在嚴重漏洞。政府委任的獨立調查委員會去年五月發表報告，直指海事處內部管理問題多且嚴重，建議政府有必要作出制度上的改變，尤其在「承擔責任的態度及透明度方面」。
鑑於事態嚴重，政府立即成立專責小組展開全面內部調查，但被批「自己人查自己人」，有欠公允。根據倫明高報告的線索及專責小組首階段的針對性調查，發覺部門內部管理一團糟，如員工習慣口耳相傳上級指示，而備存運作記錄及行政記錄均異常混亂，又遺失不少記錄。政府於是下決心加以徹底整頓。
今年初經立法會財委會通過，為海事處開設四個首長級編外職位（包括三個屬於處內，一個屬律政司），以支援部門內的管治改革，連同去年五月從政府內部臨時調派一名首長乙級政務官，及一名高級首席行政主任，政府向海事處合共增派了至少六名首長級官員，做法非常罕見，也折射出部門內部存在的問題極度嚴重，非下重手加以迅速「止血」及力爭適度「換血」。
政府拒絕公布內部調查報告，但從給予海難家屬僅三十頁的摘要，涉及「船舶事務科」即有十七名人員涉行為不當，其中的十三名會被採取紀律行動，內中包括兩名首長級人員，足證內部管理存在的紕漏之嚴重。調查報告摘要建議大力改革海事處，集中檢討運作流程、操作程序、人力策略及培訓，這些只是冰山一角的倒影，一旦公布逾四百頁的整份報告，必教社會震驚。