三中全會有關深化改革提及頂層設計、摸着石頭過河與科學決策等改革政策的方法論問題。頂層中包含頗值得爭議的假設，屬一個系統工程，各部分關係清楚明確，因此頂層設計定好總的原則、關係，便可把其他各層的政策推演過來。
在工程的概念，這樣的系統存在於概念與設計層次，但工程涉及的範疇狹窄，依傍線性思維，主要考慮工程所定出的既定目標能否達到的效率，若涉及範疇較大，複雜性增加，亦會出現非預期的影響；若加上非技術性因素如財務等等，設計嚴密的系統工程項目也有失敗的機會。
改革如三中全會公報所言，需政治經濟社會文化生態的建設與改革同時進行，因五者關係緊密。背後的認識便是人類社會的整體性與複雜性，不易理解。若改革可有頂層設計，前蘇聯瓦解時美國教授所設計的震盪療法便可成功，不致引來俄羅斯等前社會主義國家十多年的倒退。
頂層設計若只堅持社會主義等大原則，操作性不大，因大原則與政策轉化存在巨大的空間和不確定性。中國改革成功是自認不知，故此摸着石頭過河，從試驗中總結經驗，從失敗中吸取教訓；正如陳雲所說留有餘地，實事求是。摸着石頭過河便是陳雲自延安時期以來對經濟工作的智慧總結；其中與西方近代理論發展中的複雜理論頗為相類。
人類社會演化過程有太多的未知，只能靠科學方法來決策，以求錯來吸取教訓避免錯誤重複。中國改革之成功，在於摸着石頭過河！