國民黨全代會將移師台中，以避開遊行嗆馬的民眾。全代會的召開並非風和日麗，黨內鬥爭暗潮洶湧，較早時傳出本土派將提案明年地方選舉國民黨若失敗，黨主席必須負責下台，馬英九面臨了極大的威脅。
國民黨中常會隨即通過了黨章修正草案，總統為當然的黨主席，馬英九表示如果國民黨二○一六年繼續執政，他即會提前卸下黨主席職務，新任總統可兼任黨主席，但對於萬一敗選的責任歸屬，則隻字未提。
馬英九秉持之理乃「黨不能有兩個太陽」，但黨政分家是台灣民主政治發展過程中的追求目標，避免過去黨國不分的弊病。馬英九在○八年競選時就曾保證黨政分家，○九年就又表示必兼黨主席，可見理想與現實有極大的差距，掌握權勢乃為政者重要的法則。
馬英九擔心的是明年選舉若國民黨敗陣，失去了黨主席之職，他必面臨眾叛親離，提早跛腳，因之修黨章為總統必兼黨主席，二者合體以確保未來歲月仍執政順暢。
目前民進黨也是如此規定，不過謝長廷表示經民進黨實踐的結果問題滿多的，國民黨內的反對派對此黨章的修法也有不同意見，並面對外界「名為自宮，實為自保」的質疑。
現國民黨與馬英九終於走上了民進黨和陳水扁的老路，扁馬的執政路程有頗為相似之處，兩人初上任時都有極高的民意支持度，兩人都認為黨是包袱，而高唱黨政分家，但扁江河日下之時回頭抱着黨不放，不讓黨權旁落。
馬願意犧牲未來一年多的黨主席任期以建立制度，但面對明年選舉大不利的情況下，卻沒有進一步規劃黨主席的責任，可稱是以未來換取現在空間的重要步驟，以保執政順暢，在中常會上獲得了大多數的支持。