受發展新界東北影響的寮屋登記住戶最多可獲一筆六十萬元特惠津貼，與受高鐵工程影響需遷村的菜園村賠償金相若，有關人士並可獲優先申請同區公屋。有立法會議員批評金額不足以買入同類住所，不符原居民訴求，亦有議員認為賠償金非助寮屋戶置業，只為居民安置搬遷。另外，有學者指，新修訂方案擱置發展坪輋及打鼓嶺，有助加快古洞北及粉嶺北兩區發展進程，又增加居住密度，提高成本效益，符合現時房屋需求。
立法會房屋事務委員會主席王國興認為，六十萬元賠償屬多或寡，按每個家庭而定，難一刀切下定論，強調具備發展條件的土地非常難得，對暫時擱置坪輋及打鼓嶺感可惜，應待條件成熟再推。他指，新界東北發展明顯較深圳落後，三區原居民爭取發展多年，質疑反對者割地賣港言論有偏頗。
立法會議員湯家驊則批評，賠償金額不足以買入同類住所，漠視原居民訴求，反而安排居民上公屋，做法不公平。理工大學建築及房地產學系教授許智文表示，古洞設港鐵站，交通較坪輋及打鼓嶺方便，暫時擱置發展坪輋及打鼓嶺，有助處理反對，「擱置一區梗係無咁好，但實事求是，集中房屋興建，時間及速度都會較快。」加上其他土地未經研究規劃，研究過程需時，有需要開展現行計劃。
不過，立法會議員范國威認為，港府仍有逾四千公頃官地，若連同荒廢土地更不止此數，故應先發展該類土地，撤回三區發展計劃。曾任職恒基地產的建築、測量及都市規劃界立法會議員謝偉銓則認為，提高地積比率屬「地盡其用」，而暫時擱置坪輋及打鼓嶺的發展，做法亦合理。