1.可加可減方程式內的「生產力因素」，未來５年由目前的減0.1%，修改為減0.6％，修訂後按方程式運算：0.5×3.7%(2012年12月份通脹率)＋0.5 ×2.9%(2012第四季運輸業名義工資指數升幅)-0.6%（生產力因素）=2.7%。
最新計算所得的加幅，較按原方程式算出的加價3.2%，少了0.5個百分點。港鐵加價後每年少收3.6億元收入，加上要提供優惠和有罰款安排，料涉款2.2億元，消息人士指實際加幅進一步壓縮至1.1%。
2.為方程式算出的加幅「封頂」，加幅不得高於家庭每月入息中位數的按年變動，少收的加幅留待日後當家庭每月入息中位數高於運算所得加幅時，才可分2年追收，但仍不得超過家庭每月入息中位數的變動。
3.擴大月票及設新票種優惠，折扣等同約95折至7折。
ａ）推出「港鐵都會優惠票」，市民以400元購買全新多程智能卡，可享優惠車程四十次，適用於荃灣線、港島線、觀塘線及將軍澳線所有車站，及東涌線、東鐵線及西鐵線市區車站，例如青衣站、旺角東站等。2014年第2季推出。
ｂ）「東涌、南昌」全月通加強版，以360元價錢可一個月內來往東涌線東涌站及南昌站。今年7月1日推出。
ｃ）各類全月通月票持有人享額外折扣，往全月通覆蓋範圍以外車站時，可就本地轉線車程（不包括羅湖及落馬洲站車程）享25%票價折扣。今年7月1日推出。
4.港鐵推行利潤分享計劃，按每年基本業務利潤設票價優惠帳戶，把利潤中一個指定金額，透過即日第二程車費九折優惠回饋乘客。按2012年港鐵有近100億元基本業務利潤計算，將撥1億5千萬元到票價優惠帳戶。預料款項會在4個月內便用罄。
5.按服務表現施加罰款，嚴重事故延誤時間達三十一分鐘至四小時，將罰款一百萬至五百萬元不等，逾四小時的每個小時則罰款二百五十萬元，罰款也撥入票價優惠帳戶，回饋乘客，即日第二程車費九折。按2012年的服務表現，港鐵曾有8宗事故致服務延誤三十一分鐘或以上，罰款1,300萬元。